Cílem staveb druhého úseku od jezu Hluboká nad Vltavou do zdrže Vodního díla Hněvkovice je napojení dalších zhruba 11 km vodní cesty k 1. úseku mezi Českými Budějovicemi a Hlubokou nad Vltavou. S prvním úsekem tak bude k dispozici již přes 19 km rekreační vodní cesty. Návštěvníkům se tak zpřístupní vodní nádrž Hněvkovice, kde v současnosti probíhá pouze izolovaná plavba.
Splavněním úseku až po Týn nad Vltavou se jihočeská Vltava plavebně napojí na nádrž Vodního díla Orlík a tím výrazně rozšíří turistický potenciál o celou Orlickou nádrž na Vltavě a Otavě.
Plavební komora o spádu cca 3 m (dle vodního stavu) umožní plavidlům překonání jezu Hluboká nad Vltavou. Dispozičně je vysunuta do horní vody a bude umístěna ve stávající vorové propusti. V horním ohlaví budou osazena klapková vrata s nepřímým plněním jednostranným krátkým obtokem a v dolním ohlaví pak desková jednokřídlá vrata s přímým prázdněním. V obou rejdách jsou umístěna čekací stání pro malá a velká plavidla. Z velínu plavební komory bude možné novým řídícím systémem ovládat plavební i jezové prvky.
Stavba byla zahájena v roce 2010 a dokončena v roce 2012.
Požadovaná hloubka 1,6 m bude zajištěna prohrábkou dna koryta vodního toku v délce 3,3 km zdrže VD Hněvkovice. Hladina je trvale udržována na úrovni dle platného manipulačního řádu. Stavba bude umožňovat dosažení výhledové hladiny, na kterou byla přehrada realizována. Součástí stavby je i instalace plavebního značení a kilometráže vltavské vodní cesty. Dále bude vybudována usměrňovací hrázka v délce 791 m za účelem oddělení plavební dráhy od prostoru mělčin a ostrůvků, v konci vzdutí vodní nádrže Hněvkovice. Poslední stavbou tohoto záměru bude stání pro osobní lodní dopravu Hluboká nad Vltavou – Hamry. 160 m od silničního mostu vznikne plovoucí molo s bezbariérovým přístupem, které bude fungovat jako zastávka pro linkovou plavbu.
Stavba byla zahájena v roce 2010 a dokončena v roce 2012.